衢州中西醫結合醫院以中西醫結合、微創治療為特色,以疼痛科為龍頭，聯合康復醫學科、骨科、中醫科等科室打造集疼痛診療、護理、康復為一體的專業疼痛學科群，打破傳統單純科室治療患者的單一模式，尤以各類疼痛、頑固性皮膚病、頸腰椎間盤突出、坐骨神經痛、肩周炎、膝關節痛、股骨頭壞死、以及睡眠障礙、頭暈頭痛、過敏性鼻炎、支氣管哮喘、糖尿病、慢性咽炎、痛經、陽痿、慢性蕁麻疹等疑難病、神經痛、體外碎石、泌尿外科、微創外科以及中醫科等方面獨具特色優勢。
   
   衢州康復醫院開設有康復醫學科、重癥監護室、內科、中醫科、放射科、超聲科、檢驗科等臨床醫技科室。醫院配備了國內外先進的康復訓練系列器材和專業康復治療儀器，創立了在多學科合作下中西醫結合診療、康復模式，集康復治療與康復鍛煉于一體，為各種術后、病后患者，偏癱、肢癱、截癱、腦癱及其他功能障礙患者盡快康復，回歸社會提供了保障。
   
   常山第二醫院學科建設以“強專科，大綜合”為導向，根據醫院自身優勢，結合本地醫療需求，開設有內科、外科、婦產科、兒科、急診科、重癥醫學科（ICU）、疼痛科、康復醫學科、中醫科、精神科、五官科、醫學檢驗科、病理科、麻醉科、醫學影像科（放射科、超聲科）等優勢學科。